Informasi

Kebingungan tentang polaritas dan hidrofobisitas Prolin, Tirosin dan Sistein?

Kebingungan tentang polaritas dan hidrofobisitas Prolin, Tirosin dan Sistein?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Saya akan mencantumkan di sini beberapa sumber yang menyatakan secara berbeda tentang polaritas dan hidrofobisitas Prolin dan Tirosin:

Dari artikel Asam Amino di Wikipedia, disebutkan bahwa prolin adalah spesial kasus, Tirosin adalah hidrofobik dan Sistein juga adalah spesial kasus.

Dari akademi Khan, itu juga menyatakan bahwa prolin adalah kutub, Tirosin adalah nonpolar dan Sistein adalah kutub.

Namun,

Dari Ilmu Biologi Pearson Prentice Hall, dinyatakan bahwa prolin adalah nonpolar, Tirosin adalah kutub dan Sistein adalah kutub.

Dari BioNinja, dinyatakan bahwa prolin adalah nonpolar, Tirosin adalah kutub dan Sistein adalah nonpolar.

Di Wikipedia,

Artikel yang didukung Proline prolin adalah nonpolar.

Artikel yang didukung Tirosin Tirosin adalah polar dan hidrofilik.

Artikel Sistein menyatakan bahwa Sistein adalah polar dan hidrofobik, SEBAIK Tirosin.

Untuk meringkas hasilnya, saya akan memasukkannya ke dalam tabel berikut

Tolong bantu saya untuk menghilangkan kebingungan, mengapa polaritas dan hidrofobisitas asam amino ini tidak cocok satu sama lain?


TL/DR: ini adalah batas, kasus rumit. Tidak ada konsensus luas apakah sistein dan tirosin harus dianggap hidrofobik atau polar. Prolin jelas nonpolar sekalipun.

Alasan kebingungan adalah bahwa ada beberapa cara untuk mendefinisikan dan mengukur polaritas dan hidrofobisitas untuk asam amino. Pertama, polaritas dan hidrofobisitas asam amino bebas sangat berbeda dari rantai samping asam amino dalam konteks peptida (protein). Saya berasumsi Anda tertarik pada yang terakhir.

Polaritas agak sulit untuk didefinisikan untuk asam amino. Momen dipol adalah ukuran polaritas yang biasa, tetapi ini tergantung pada geometri molekul, dan akibatnya hanya didefinisikan dengan baik untuk molekul kecil yang tidak dapat "bergoyang" di sekitarnya, seperti air. Rantai samping asam amino yang lebih besar dapat sedikit bergoyang, dan momen dipolnya sulit ditentukan. Sebaliknya, polaritas biasanya diberikan oleh aturan praktis seperti "gugus hidroksi bersifat polar" dan "cincin aromatik adalah nonpolar. Tapi kemudian ada kasus batas seperti tirosin yang memiliki cincin aromatik dan gugus hidroksi.

Hidrofobisitas terkait dengan polaritas, tetapi ini adalah kuantitas yang diukur secara eksperimental, biasanya ditentukan oleh bagaimana asam amino berpartisi antara air dan pelarut nonpolar, atau dengan mengamati bagaimana orientasinya pada protein yang terlipat (menuju atau melawan pelarut air). Informasi lebih rinci ditemukan di sini. Tetapi hasil eksperimen tersebut tidak selalu sesuai, sehingga asam amino yang merupakan batas hidrofobik/hidrofilik sulit untuk diklasifikasikan. Misalnya, untuk dua asam amino X dan Y, kita mungkin menemukan bahwa X larut lebih baik dalam air daripada Y, jadi X tampak lebih hidrofilik dalam pengertian ini; tetapi pada saat yang sama, X juga dapat mempartisi lebih baik menjadi lapisan ganda lipid, sehingga dalam hal ini X tampak lebih hidrofobik daripada Y. Dalam kasus seperti itu, berbagai skala hidrofobisitas akan berbeda.

Untuk alasan ini, ada ketidaksepakatan tentang apakah beberapa asam amino bersifat polar/hidrofobik. Dengan mengingat hal ini, inilah dua sen saya untuk asam amino yang Anda sebutkan:

prolin agak istimewa karena tidak memiliki gugus -NH3; nitrogen amina berikatan dengan rantai samping -- ini lebih merupakan "lingkaran" daripada rantai -- dan ikatan peptidanya berbeda. Tetapi "lingkaran samping" ini jelas tidak memiliki gugus kutub, dan saya pikir ada kesepakatan yang baik bahwa prolin harus dianggap nonpolar. Halaman Khan Academy mungkin salah dalam hal ini. Prolin adalah perantara dalam hidrofobisitas.

Tirosin: Seperti disebutkan, polaritas rantai samping tirosin tidak jelas karena cukup besar dan memiliki gugus polar dan nonpolar. Tirosin agak hidrofobik, tetapi di antara asam amino, ia menempatkan dirinya di dekat bagian tengah pada sebagian besar skala hidrofobisitas. Jadi tirosin adalah kasus batas, yang menjelaskan mengapa sumber yang berbeda tidak setuju.

Sistein khusus dalam konteks protein, karena residu sistein sering berpasangan melalui ikatan disulfida, dan ini mengubah sifat-sifatnya. Dengan sendirinya, gugus -SH bersifat polar (walaupun kurang dari gugus -OH) sehingga rantai samping sistein agak polar. Ini adalah menengah dalam hidrofobisitas yang diukur dengan partisi pelarut. Sistein dianggap hidrofobik berdasarkan pengamatan bahwa sistein sering ditemukan di bagian dalam protein, jauh dari pelarut air; tetapi ini sebagian besar karena kemampuannya untuk membentuk ikatan disulfida.


Apakah prolin polar atau nonpolar?

Dari Ilmu Biologi Pearson Prentice Hall, dinyatakan bahwa prolin adalah nonpolar, Tirosin adalah kutub dan Sistein adalah kutub. Dari BioNinja, dinyatakan bahwa prolin adalah nonpolar, Tirosin adalah kutub dan Sistein adalah nonpolar.

apakah prolin hidrofobik atau hidrofilik? Hidrofobik Asam Amino Asam amino dikelompokkan berdasarkan rantai sampingnya. Sembilan asam amino yang memiliki hidrofobik rantai samping adalah glisin (Gly), alanin (Ala), valin (Val), leusin (Leu), isoleusin (Ile), prolin (Pro), fenilalanin (Phe), metionin (Met), dan triptofan (Trp).

Selain itu, apakah tirosin polar atau non polar?

Tirosin memiliki satu kutub gugus hidroksil yang sebagian mengimbangi non-kutub cincin benzena, tetapi secara keseluruhan struktur rantai samping dianggap cukup non-kutub.

prolin, di sisi lain, umumnya non-polar dan memiliki sifat yang berlawanan dengan sifat Gly, ia memberikan kekakuan pada rantai polipeptida dengan memaksakan sudut torsi tertentu pada segmen struktur.


Mnemonik asam amino untuk olimpiade biologi

Ada beberapa asam amino yang tidak menggunakan huruf pertama nama asam amino sebagai singkatannya. Ini termasuk:

    • K = lisin
      • Memikirkan ' K lisin'
        • Y = tirosin.
          • Pikirkan ‘t kamu rosin
            • D = asam aspartat
              • Pikirkan ‘aspar D asam ic’
                • Q = glutamin.
                  • Pikirkan ‘ Q -tamin’
                    • R = arginin.
                      • Pikirkan ‘ R -ginine’
                        • E = asam glutamat
                          • Pikirkan ‘glut E mic’ asam’
                            • F = fenilalanin
                              • Pikirkan ‘ F enilalanin’
                                • N = asparagin
                                  • Pikirkan ‘ n asparagin’
                                  • W = triptofan
                                    • Pikirkan ‘tWyptophan’.

                                    Bantuan memori lain yang berguna ada di bawah ini:

                                    Alifatik non-polar asam amino:

                                    • FVIP WGLAM :
                                          • Fenilalanin (F)
                                          • (V)alin
                                            • (I) soleusin
                                              • (P)rolin
                                                  • Triptofan (W)
                                                  • (G)lisin
                                                    • (L)eucine
                                                      • (A)lanin
                                                      • (M)etionin

                                                      kutub tidak bermuatan asam amino:

                                                      • S an T a N pernah Q uits C hrkamusekolah:
                                                              • (S)erine
                                                                • (T)hreonin
                                                                  • Asparagi(N)e
                                                                    • Glutamin (Q)
                                                                    • (C) sistein
                                                                    • T(Y)rosin

                                                                    Aromatik : W hif FY

                                                                    Memiliki gugus -OH :

                                                                      • asam
                                                                          • DE ath selalu negatif (-)
                                                                          • Aspartat (D), Glutamat (E)
                                                                          • Dasar :
                                                                            • MiliknyaL ya Ar e Dasar’ atau BA HRK (diucapkan sebagai kulit kayu)
                                                                              • (H)istidin , Lisin (K), A(R)ginin

                                                                              SATU HURUF SINGKATAN UNTUK ASAM AMINO

                                                                              Aromatik asam amino: WFY (dibaca sebagai “istri”). WFY selalu wangi!


                                                                              Apa itu asam amino?

                                                                              Asam amino adalah asam karboksilat dengan gugus amino. Jenis asam amino yang paling penting adalah asam -amino. Asam amino terutama terdiri dari karbon, nitrogen, oksigen, hidrogen, dan elemen alami lainnya. Kita tahu sekitar 500 asam amino, 20 di antaranya adalah yang paling penting dan umum digunakan.

                                                                              Mereka adalah komponen terbesar kedua dari tubuh ketika membangun otot dan jaringan dengan air.

                                                                              Rumus umum diberikan pada gambar di bawah ini.

                                                                              Struktur asam amino

                                                                              Semua 20 asam amino umum termasuk gugus karboksi, gugus amino, dan rantai samping (gugus R) yang semuanya terkait dengan -karbon.

                                                                              20 Jenis Asam Amino

                                                                              Berikut ini adalah daftar 20 asam amino umum, serta kode tiga huruf dan satu huruf (huruf besar) dari simbol asam amino yang sering kita kenal. Makalah ini digunakan untuk menandai asam amino dengan cepat dan mudah dipelajari.

                                                                              • alanin – ala – A
                                                                              • arginin – arg – R
                                                                              • asparagin – asn – N
                                                                              • asam aspartat – asp – D
                                                                              • sistein – cys – C
                                                                              • glutamin – gln
                                                                              • glutamin – gln – Q
                                                                              • asam glutamat – glu – E
                                                                              • glisin – gli – G
                                                                              • histidin – miliknya – H
                                                                              • isoleusin – ile – I
                                                                              • leusin – leu – L
                                                                              • lisin – lis – K
                                                                              • metionin – bertemu – M
                                                                              • fenilalanin – phe – F
                                                                              • prolin – pro – P
                                                                              • serin – ser – S
                                                                              • treonin – thr – T
                                                                              • triptofan – trp – W
                                                                              • tirosin – tir – Y
                                                                              • valin – val – V

                                                                              Klasifikasi asam amino berdasarkan gugus R

                                                                              1. Asam amino alifatik non-polar: Gugus R dalam asam amino ini bersifat non-polar dan hidrofobik. Glisin, Elenin, Valin, Leusin, Isoleusin, Metionin, Prolin.
                                                                              2. Asam amino aromatik: fenilalanin, tirosin, dan triptofan serta rantai samping aromatiknya relatif non-polar (hidrofobik). Siapapun dapat berpartisipasi dalam interaksi hidrofobik.
                                                                              3. Polar, asam amino tidak berubah: Dibandingkan dengan asam amino non-polar, gugus R dari asam amino ini lebih larut dalam air, atau lebih hidrofilik, karena mengandung gugus fungsional yang membentuk ikatan hidrogen dengan air. Asam amino tersebut termasuk serin, treonin, sistein, asparagus, dan glutamin.
                                                                              4. Asam amino asam: Gugus R adalah asam amino yang bersifat asam atau bermuatan negatif. Asam glutamat dan asam aspartat
                                                                              5. Asam amino dasar: Gugus R adalah asam amino basa atau bermuatan positif. Lisin, arginin, Histidin.

                                                                              Klasifikasi asam amino berdasarkan nutrisi

                                                                              Asam Amino Esensial

                                                                              Sembilan jenis asam amino tidak dapat disintesis dalam tubuh, sehingga harus ada dalam makanan untuk sintesis protein.

                                                                              Asam amino esensial tersebut adalah histidin, isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan, dan valin.

                                                                              Asam amino Tidak penting

                                                                              Asam amino ini dapat disintesis di dalam tubuh, jadi tidak perlu mendapatkannya melalui makanan.

                                                                              Arginin, glutamin, tirosin, sistein, glisin, prolin, serin, ornitin, Elenin, asparagus, dan asam aspartat.


                                                                              Apakah sistein dan tirosin hidrofobik atau hidrofilik?

                                                                              Melihat jawaban yang saling bertentangan untuk ini di seluruh internet dan di buku-buku saya, apa yang kalian pilih?

                                                                              Baik rantai samping Sistein dan Tirosin memiliki pKa (masing-masing 8,37 dan 10,46), meskipun keduanya netral pada pH fisiologis, jadi saya rasa itulah yang membuatnya polar.

                                                                              Pada dasarnya seperti itulah saya ingin memikirkannya karena cincin aromatik dan gugus OH di Tirosin membingungkan saya.

                                                                              Sistein adalah deff polar. Saya tidak berpikir mereka akan pernah membuat Anda membedakan antara tirosin menjadi polar atau tidak seperti beberapa buku teks mengatakan itu polar, beberapa mengatakan itu non polar. Lebih penting lagi ia muncul sebagai dapat terfosforilasi dan sebagai aromatik, sehingga substitusi dari F atau W memiliki efek kecil.

                                                                              Sistein pasti polar. Saya menganggap tirosin polar juga. Saya melihat pertanyaan latihan di FL pihak ke-3 yang mengatakan "Mana dari asam amino berikut yang paling tidak mungkin ditemukan di wilayah rentang membran?" Dan jawabannya adalah tirosin. Saya bisa sampai pada kesimpulan itu melalui proses eliminasi, tentu saja, tapi saya pikir secara fungsional itu kutub.

                                                                              Selanjutnya, pada reseptor tirosin kinase, tirosin terletak di permukaan reseptor yang menghadap ke sisi sitoplasma dan kemudian terfosforilasi. Saya menganggap asam amino yang tidak berada di daerah rentang membran, tetapi berada di sisi sitoplasma, polar.

                                                                              Seperti yang dikatakan orang lain, saya rasa Anda tidak akan mendapatkan pertanyaan yang langsung meminta Anda untuk mengkategorikan polar atau non-polar untuk AA seperti Tyr atau Cys. Ingat, kategorisasi bersifat umum, dan kami menggunakannya untuk membuat hidup lebih mudah. Tapi, tidak ada alasan untuk AA menjadi hidrofobik murni atau hidrofilik murni (ia akan memiliki karakter keseluruhan, dan karakter ini akan sering bergantung pada lingkungan sekitarnya).

                                                                              Saya pikir, selama Anda menyadari bahwa Tyr terdiri dari gugus fenil hidrofobik dengan -OH hidrofilik di atasnya, Anda akan dapat menjawab pertanyaan apa pun yang akan Anda dapatkan.

                                                                              Beberapa hal lagi untuk dipikirkan -- Tyr mampu mengikat hidrogen melalui gugus -OH. Ini jelas membuatnya lebih hidrofilik daripada Phe (strategi bagus lainnya - bandingkan antara AA). Dalam penelitian yang saya lakukan, salah satu hal yang kami pelajari adalah peran air dalam interaksi tertentu. Mungkin akan membantu untuk memberi tahu Anda bahwa banyak protein yang bekerja dengan saya memiliki Tyr di bagian luar (yaitu, tidak terkubur dalam kantong hidrofobik). Dan, bahkan ketika protein mengikat DNA, misalnya (artinya Tyr sekarang terlindung dari larutan massal), Tyr masih berkoordinasi dengan molekul air melalui ikatan hidrogen. Jadi, Anda dapat melihat dengan jelas bahwa Tyr memiliki karakteristik kutub. Dan mengapa tidak? Ikatan-H seperti IMF kutub pada steroid :)

                                                                              Jadi ada masalah terpisah yang memperumit klasifikasi setiap AA di sini.

                                                                              Saya akan mulai dengan Tirosin, di sini kebingungan berasal dari fakta bahwa hidrofobisitas adalah kontinum, tidak ada garis terang pada kontinum, kami hanya menempelkan satu di sana, jadi meskipun Tirosin umumnya diklasifikasikan sebagai hidrofobik, mungkin tidak berperilaku dengan cara itu pada tingkat yang sama dengan AA yang lebih hidrofobik.
                                                                              Namun, klasifikasi konsensus bersifat hidrofobik, jadi jika Anda harus mengklasifikasikannya di kepala Anda, itulah yang Anda pilih.

                                                                              Sistein: di sini bagian dari kebingungan berasal dari sistein (AA dengan kelompok SH R vs sistin (sistein yang telah membentuk ikatan SS dengan sistein lain disebut sistin). Jadi di sini AA telanjang, sistein, agak polar dan tidak terlalu besar , jadi hidrofilik jika dilihat dalam polipeptida sederhana. Namun, secara biologis sangat sedikit sistein bebas, ia banyak ditemukan tanpa ikatan -H-nya dengan sistein lain seperti sistin. Ikatan disulfida SS ini tidak lagi polar, dan cukup hidrofobik .
                                                                              Ini bahkan lebih rumit oleh fakta bahwa studi pelipatan protein menunjukkan bahwa bahkan sistein yang tidak terikat (dengan -H) cenderung berperilaku dalam percobaan pelipatan protein lebih seperti AA hidrofobik daripada yang diharapkan. Jadi secara tradisional sistein telah dianggap polar berdasarkan kimia yang diprediksi, namun data eksperimental dalam peptida poli menunjukkan lebih mirip dengan AA hidrofobik. Saya kira kita dapat mempertimbangkan aspek ini mirip dengan masalah dengan Tirosin. Sederhananya Hidrofobisitas adalah kontinum, bukan biner.


                                                                              Kebingungan tentang polaritas dan hidrofobisitas Prolin, Tirosin dan Sistein? - Biologi

                                                                              Hampir setiap bagian sel melibatkan protein dalam beberapa cara, dari nukleus ke mitokondria hingga membran sel. MCAT akan menguji pemahaman Anda tentang konsep-konsep kunci mengenai asam amino karena asam amino yang menyusun protein menentukan strukturnya. Pada bab berikutnya, kita akan membahas fungsi protein yang paling terkenal: perannya sebagai enzim.

                                                                              Ringkasan Konsep

                                                                              Asam Amino Ditemukan dalam Protein

                                                                              ·&emspAsam amino memiliki empat kelompok yang melekat pada pusat (&alfa) karbon: gugus amino, gugus asam karboksilat, atom hidrogen, dan an grup R.

                                                                              o Gugus R menentukan kimia dan fungsi asam amino tersebut.

                                                                              o Dua puluh asam amino muncul dalam protein organisme eukariotik.

                                                                              ·&emspThe stereokimia dari &alfa-karbon adalah L untuk semua asam amino pada eukariota.

                                                                              o Asam D-amino dapat ada pada prokariota.

                                                                              o Semua sayaSayatidak ada asam kecuali sistein memiliki (S) konfigurasi.

                                                                              o Semua asam amino adalah kiral kecuali glisin, yang memiliki atom hidrogen sebagai gugus R-nya.

                                                                              ·&emspRantai samping dapat bersifat polar atau nonpolar, aromatik atau nonaromatik, bermuatan atau tidak bermuatan.

                                                                              Hai Nonpolar, nonaromatik: glisin, alanin, valin, leusin, isoleusin, metionin, prolin

                                                                              Hai Aromatik: triptofan, fenilalanin, tirosin

                                                                              Hai kutub: serin, treonin, asparagin, glutamin, sistein

                                                                              Hai Bermuatan negatif (asam): aspartat, glutamat

                                                                              Hai Bermuatan positif (dasar): lisin, arginin, histidin

                                                                              ·&emspAsam amino dengan rantai alkil panjang bersifat hidrofobik, dan asam amino dengan muatan bersifat hidrofilik, banyak lainnya berada di antara keduanya.

                                                                              Kimia Asam-Basa Asam Amino

                                                                              ·&emspAsam amino adalah amfoter yaitu, mereka dapat menerima atau menyumbangkan proton.

                                                                              ·&emspThe PKA dari suatu kelompok adalah pH di mana setengah dari spesies terdeprotonasi [HA] = [A – ].

                                                                              ·&emspAsam amino ada dalam bentuk yang berbeda pada nilai pH yang berbeda.

                                                                              o Pada pH rendah (asam), asam amino terprotonasi penuh.

                                                                              o Pada pH dekat pI asam amino, asam amino bersifat netral zwitterion.

                                                                              o Pada pH tinggi (basa), asam amino sepenuhnya terdeprotonasi.

                                                                              ·&emspThe titik isoelektrik (pI) asam amino tanpa rantai samping bermuatan dapat dihitung dengan rata-rata dua pKA nilai-nilai.

                                                                              ·&emspAsam amino dapat dititrasi.

                                                                              o Kurva titrasi hampir datar pada pKA nilai asam amino.

                                                                              o Kurva titrasi hampir vertikal pada pI asam amino.

                                                                              ·&emspAsam amino dengan rantai samping bermuatan memiliki p . tambahanKA nilai, dan pI mereka dihitung dengan rata-rata dua pKA nilai yang sesuai dengan protonasi dan deprotonasi zwitterion.

                                                                              o Asam amino tanpa rantai samping bermuatan memiliki pI sekitar 6.

                                                                              o Asam amino asam memiliki pI jauh di bawah 6.

                                                                              o Asam amino basa memiliki pI jauh di atas 6.

                                                                              Pembentukan dan Hidrolisis Ikatan Peptida

                                                                              ·&emspDipeptida memiliki dua residu asam amino tripeptida memiliki tiga. Oligopeptida memiliki "beberapa" asam amino berada (20).

                                                                              ·&emspMembentuk ikatan peptida adalah a kondensasi atau dehidrasi reaksi (melepaskan satu molekul air).

                                                                              o Gugus amino nukleofilik dari satu asam amino menyerang gugus karbonil elektrofilik dari asam amino lain.

                                                                              o Ikatan amida kaku karena resonansi.

                                                                              ·&emspMemutus ikatan peptida adalah hidrolisis reaksi.

                                                                              Struktur Protein Primer dan Sekunder

                                                                              ·&emspStruktur utama adalah urutan linier asam amino dalam peptida dan distabilkan oleh ikatan peptida.

                                                                              ·&emspStruktur sekunder adalah struktur lokal asam amino tetangga, dan distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus amino dan gugus karboksil yang tidak berdekatan.

                                                                              Hai &alfa-heliks adalah kumparan searah jarum jam di sekitar sumbu pusat.

                                                                              Hai &beta-berlipat lembaran adalah untaian bergelombang yang bisa paralel atau antiparalel.

                                                                              Hai prolin dapat mengganggu struktur sekunder karena struktur sikliknya yang kaku.

                                                                              Struktur Protein Tersier dan Kuarter

                                                                              ·&emspStruktur tersier adalah bentuk tiga dimensi dari rantai polipeptida tunggal, dan distabilkan oleh interaksi hidrofobik, interaksi asam-basa (jembatan garam), ikatan hidrogen, dan ikatan disulfida.

                                                                              Hai Interaksi hidrofobik mendorong gugus R hidrofobik ke bagian dalam protein, yang meningkatkan entropi molekul air di sekitarnya dan menciptakan energi bebas Gibbs negatif.

                                                                              Hai Ikatan disulfida terjadi ketika dua sistein molekul teroksidasi dan membuat ikatan kovalen untuk membentuk sistin.

                                                                              ·&emspStruktur kuarter adalah interaksi antara peptida dalam protein yang mengandung banyak subunit.

                                                                              ·&emspProtein dengan molekul yang terikat secara kovalen disebut protein terkonjugasi. Molekul yang terikat adalah kelompok prostetik, dan dapat berupa ion logam, vitamin, lipid, karbohidrat, atau asam nukleat.

                                                                              Denaturasi

                                                                              ·&emspBaik panas dan peningkatan konsentrasi zat terlarut dapat menyebabkan hilangnya struktur protein tiga dimensi, yang disebut denaturasi.

                                                                              Jawaban untuk Cek Konsep

                                                                              1. Keempat gugus tersebut adalah gugus amino (–NH2), gugus asam karboksilat (–COOH), atom hidrogen, dan gugus R.

                                                                              2. Semua asam amino eukariotik adalah L. Semua asam amino eukariotik adalah (S), dengan pengecualian sistein (karena sistein adalah satu-satunya asam amino dengan gugus R yang memiliki prioritas lebih tinggi daripada asam karboksilat menurut aturan Cahn-Ingold-Prelog).

                                                                              3. Nonpolar, nonaromatik: glisin, alanin, valin, leusin, isoleusin, metionin, prolin

                                                                              &sekte Aromatik: triptofan, fenilalanin, tirosin

                                                                              & sekte Kutub: serin, treonin, asparagin, glutamin, sistein

                                                                              &sekte Bermuatan negatif/asam: aspartat, glutamat

                                                                              &sekte Bermuatan positif/dasar: lisin, arginin, histidin

                                                                              4. Asam amino hidrofobik cenderung berada di bagian dalam protein, jauh dari air. Asam amino hidrofilik cenderung tetap berada di permukaan protein, bersentuhan dengan air.

                                                                              1. pH = 1: + NH3CRHCOOH pH = 7: + NH3CRHCOO – pH = 11: NH2CRHCOO –

                                                                              2. Asam aspartat: pI = (1,88 + 3,65) & bagi 2 = 2,77

                                                                              &sekte Arginin: pI = (9,04 + 12,48) &bagi 2 = 10,76

                                                                              &sekte Valin: pI = (2,32 + 9,62) &bagi 2 = 5,97

                                                                              1. Spesies ini berbeda berdasarkan jumlah asam amino yang menyusunnya: asam amino = 1, dipeptida = 2, tripeptida = 3, oligopeptida = “sedikit” (20)

                                                                              3. 4: Val – Phe Glu – Lys – Tyr Ile – Met – Tyr Gly–Ala. Asam amino tunggal sendiri tidak dianggap sebagai oligopeptida.

                                                                              Elemen Struktural

                                                                              Menstabilkan Obligasi

                                                                              Struktur utama (1°)

                                                                              Urutan linier asam amino dalam rantai

                                                                              Struktur sekunder (2°)

                                                                              Struktur lokal ditentukan oleh asam amino terdekat

                                                                              2. Struktur kaku prolin menyebabkannya menimbulkan kekusutan &alfa-heliks, atau buat belokan masuk &beta-lembar berlipit.

                                                                              Elemen Struktural

                                                                              Menstabilkan Obligasi

                                                                              Struktur tersier (3°)

                                                                              Bentuk tiga dimensi protein

                                                                              Struktur Kuarter (4°)

                                                                              Interaksi antara subunit terpisah dari protein multisubunit

                                                                              Sama seperti struktur tersier

                                                                              2. Memindahkan residu hidrofobik ke bagian dalam protein meningkatkan entropi dengan membiarkan molekul air pada permukaan protein memiliki posisi dan konfigurasi yang lebih memungkinkanAtion. Ini positif & DeltaS membuat &DeltaG

                                                                              Jika Anda adalah pemegang hak cipta dari materi apa pun yang terdapat di situs kami dan berniat untuk menghapusnya, silakan hubungi administrator situs kami untuk persetujuan.


                                                                              Apa itu Asam Amino Hidrofilik?

                                                                              Anda mungkin pernah menemukan istilah ini dan bertanya-tanya apa artinya—apa itu asam amino hidrofilik dan apa fungsinya? Semoga Anda merasa ingin mempelajari beberapa kimia organik dasar, karena tujuan artikel ini adalah untuk menjelaskan topik ini, dan memberi Anda kursus penyegaran kimia cepat tentang struktur dan molekul penting dalam tubuh kita.


                                                                              Kebingungan tentang polaritas dan hidrofobisitas Prolin, Tirosin dan Sistein? - Biologi

                                                                              Asam amino

                                                                              Protein dibentuk oleh polimerisasi monomer yang dikenal sebagai asam amino karena mengandung amina (-NH2) dan asam karboksilat (-CO2H. gugus fungsi. Dengan pengecualian asam amino prolin, yang merupakan amina sekunder, asam amino yang digunakan untuk mensintesis protein adalah amina primer dengan rumus umum berikut.

                                                                              Senyawa ini dikenal sebagai asam -amino karena -NH2 gugus ada pada atom karbon di sebelah -CO2Gugus H, yang disebut atom karbon dari asam karboksilat.

                                                                              Kimia asam amino diperumit oleh fakta bahwa -NH2 grup adalah basa dan -CO2Gugus H adalah asam. Dalam larutan berair, ion H + oleh karena itu ditransfer dari satu ujung molekul ke ujung lainnya untuk membentuk a zwitterion (dari bahasa Jerman yang berarti ion anjing kampung, atau ion hibrida).

                                                                              Zwitterions secara bersamaan bermuatan listrik dan netral secara listrik. Mereka mengandung muatan positif dan negatif, tetapi muatan bersih pada molekul adalah nol.

                                                                              Lebih dari 300 asam amino terdaftar di Buku Pegangan Praktis Biokimia dan Biologi Molekuler, tetapi hanya dua puluh asam amino dalam tabel di bawah yang digunakan untuk mensintesis protein. Sebagian besar asam amino ini hanya berbeda dalam sifat R pengganti. Oleh karena itu, asam amino standar diklasifikasikan berdasarkan ini: R kelompok. Asam amino dengan substituen nonpolar disebut hidrofobik (tidak suka air). Asam amino dengan polar R Gugus yang membentuk ikatan hidrogen dengan air diklasifikasikan sebagai hidrofilik (suka air). Asam amino yang tersisa memiliki substituen yang membawa muatan negatif atau positif dalam larutan berair pada pH netral dan karena itu sangat hidrofilik.

                                                                              20 Asam Amino Standar

                                                                              NAMA STRUKTUR
                                                                              (PADA pH NETRAL)
                                                                              Gugus R Nonpolar (Hidrofobik)
                                                                              Glisin (Gly)
                                                                              Alanin (Ala)
                                                                              Valin (Val)
                                                                              Leusin (Leu)
                                                                              Isoleusin (Ile)
                                                                              Prolin (Pro)
                                                                              Metionin (Bertemu)
                                                                              Fenilalanin (Phe)
                                                                              Triptofan (Trp)
                                                                              Gugus R Polar (Hidrofilik)
                                                                              serin
                                                                              (ser)
                                                                              treonin
                                                                              (Thr)
                                                                              Tirosin
                                                                              (Tir)
                                                                              Sistein
                                                                              (Cys)
                                                                              asparagin
                                                                              (Asn)
                                                                              Glutamin
                                                                              (Gln)
                                                                              Grup R Bermuatan Negatif
                                                                              Asam aspartat (Asp)
                                                                              Asam glutamat
                                                                              (Glu)
                                                                              Gugus R bermuatan positif
                                                                              Lisin
                                                                              (Lis)
                                                                              arginin
                                                                              (Arg)
                                                                              histidin
                                                                              (Miliknya)

                                                                              Gunakan struktur asam amino berikut dalam tabel asam amino standar untuk mengklasifikasikan senyawa ini sebagai nonpolar/hidrofobik, polar/hidrofilik, bermuatan negatif/hidrofilik, atau bermuatan positif/hidrofilik.

                                                                              Asam Amino sebagai Stereoisomer

                                                                              Dengan pengecualian glisin, semua asam amino umum mengandung setidaknya satu atom karbon kiral. Oleh karena itu, asam amino ini ada sebagai pasangan stereoisomer. Struktur isomer D dan L alanin ditunjukkan pada gambar di bawah ini. Meskipun asam amino D dapat ditemukan di alam, hanya isomer L yang digunakan untuk membentuk protein. Isomer D paling sering ditemukan menempel pada dinding sel bakteri dan pada antibiotik yang menyerang bakteri. Kehadiran isomer D ini melindungi bakteri dari enzim yang digunakan organisme inang untuk melindungi diri dari infeksi bakteri dengan menghidrolisis protein di dinding sel bakteri.

                                                                              Beberapa turunan penting secara biologis dari asam amino standar ditunjukkan pada gambar di bawah. Siapa pun yang telah menggunakan "anti-histamin" untuk meringankan gejala paparan alergen dapat menghargai peran histamin, turunan dekarboksilasi dari histidin, dalam memediasi respons tubuh terhadap reaksi alergi. L-DOPA, yang merupakan turunan dari tirosin, telah digunakan untuk mengobati penyakit Parkinson. Senyawa ini mendapat ketenaran beberapa tahun yang lalu di film Bangun, yang mendokumentasikan penggunaannya sebagai pengobatan untuk gangguan neurologis lainnya. Tiroksin, yang merupakan eter iodinasi dari tirosin, adalah hormon yang bekerja pada kelenjar tiroid untuk merangsang laju metabolisme.

                                                                              Asam asetat dan amonia sering memainkan peran penting dalam pembahasan kimia asam dan basa. Salah satu senyawa ini adalah asam lemah yang lain adalah basa lemah.

                                                                              Dengan demikian, tidak mengherankan bahwa ion H + ditransfer dari satu ujung molekul ke ujung lainnya ketika asam amino dilarutkan dalam air.

                                                                              Zwitterion adalah spesies dominan dalam larutan berair pada pH fisiologis (pH 7). Namun, zwitterion dapat mengalami reaksi asam-basa jika kita menambahkan asam kuat atau basa kuat ke dalam larutan.

                                                                              Bayangkan apa yang akan terjadi jika kita menambahkan asam kuat ke dalam larutan netral asam amino dalam air. Dengan adanya asam kuat, -CO2 - ujung molekul ini mengambil ion H + untuk membentuk molekul dengan muatan positif bersih.

                                                                              Dengan adanya basa kuat, -NH3 + ujung molekul kehilangan ion H + untuk membentuk molekul dengan muatan negatif bersih.

                                                                              Gambar di bawah menunjukkan apa yang terjadi pada pH larutan asam glisin ketika asam amino ini dititrasi dengan basa kuat, seperti NaOH.

                                                                              Untuk memahami kurva titrasi ini, mari kita mulai dengan persamaan yang menjelaskan ekspresi konstanta kesetimbangan disosiasi asam untuk asam, HA.

                                                                              Sekarang mari kita atur ulang KA ekspresi,

                                                                              ambil log ke basis 10 dari kedua sisi persamaan ini,

                                                                              lalu kalikan kedua ruas persamaan dengan -1.

                                                                              Menurut definisi, suku di ruas kiri persamaan ini adalah pH larutan dan suku pertama di ruas kanan adalah pKA dari asam.

                                                                              Tanda negatif di sisi kanan persamaan ini sering dianggap "tidak nyaman". Oleh karena itu, penurunan berlanjut dengan memanfaatkan fitur matematika logaritmik berikut.

                                                                              memberikan bentuk persamaan berikut ini.

                                                                              Persamaan ini dikenal sebagai Persamaan Henderson-Hasselbach, dan dapat digunakan untuk menghitung pH larutan pada setiap titik dalam kurva titrasi.

                                                                              Berikut ini terjadi saat kita bergerak dari kiri ke kanan melintasi kurva titrasi ini.

                                                                              • PH awalnya meningkat saat kita menambahkan basa ke dalam larutan karena basa mendeprotonasi sebagian dari H . yang bermuatan positif3N + CH2BERSAMA2ion H yang terdapat dalam larutan asam kuat.
                                                                              • pH kemudian turun karena kita membentuk larutan buffer di mana kita memiliki konsentrasi yang wajar dari kedua asam, H3N + CH2BERSAMA2H, dan basa konjugasinya, H3N + CH2BERSAMA2 - .
                                                                              • Ketika hampir semua H3N + CH2BERSAMA2Molekul H telah terdeprotonasi, kita tidak lagi memiliki larutan buffer dan pH naik dengan cepat ketika lebih banyak NaOH ditambahkan ke larutan.
                                                                              • pH kemudian turun karena beberapa H . netral3N + CH2BERSAMA2 - molekul kehilangan proton untuk membentuk H yang bermuatan negatif2NCH2BERSAMA2 - ion. Ketika ion-ion ini terbentuk, kita sekali lagi mendapatkan larutan buffer di mana pH tetap relatif konstan sampai pada dasarnya semua H3N + CH2BERSAMA2Molekul H diubah menjadi H2NCH2BERSAMA2 - ion.
                                                                              • Pada titik ini, pH naik dengan cepat hingga mencapai nilai yang diamati untuk basa kuat.

                                                                              Kurva titrasi pH memberitahu kita volume basa yang dibutuhkan untuk mentitrasi H . yang bermuatan positif3N + CH2BERSAMA2molekul H menjadi H3N + CH2BERSAMA2 - zwitterion. Jika kita hanya menambahkan setengah basa, hanya setengah dari ion positif yang akan dititrasi menjadi zwitterion. Dengan kata lain, konsentrasi H3N + CH2BERSAMA2H dan H3N + CH2BERSAMA2 - ion akan sama. Atau, menggunakan simbolisme dalam persamaan Henderson-Hasselbach:

                                                                              Karena konsentrasi ion-ion ini sama, logaritma rasio konsentrasinya adalah nol.

                                                                              Jadi, pada titik tertentu dalam kurva titrasi ini, persamaan Henderson-Hasselbach memberikan persamaan berikut.

                                                                              Oleh karena itu kita dapat menentukan pKA asam dengan mengukur pH larutan di mana asam telah dititrasi setengah.

                                                                              Karena ada dua kelompok yang dapat dititrasi dalam glisin, kita mendapatkan dua titik di mana asam amino setengah dititrasi. Yang pertama terjadi ketika setengah dari H . positif3N + CH2BERSAMA2Molekul H telah diubah menjadi H . netral3N + CH2BERSAMA2 - ion. Yang kedua terjadi ketika setengah dari H3N + CH2BERSAMA2 - zwitterion telah diubah menjadi H . yang bermuatan negatif2NCH2BERSAMA2 - ion.

                                                                              Hasil berikut diperoleh ketika teknik ini diterapkan pada glisin.

                                                                              Mari kita bandingkan nilai-nilai ini dengan pKAdari asam asetat dan ion amonium.

                                                                              Sifat asam/basa dari gugus a -amino dalam asam amino sangat mirip dengan sifat amonia dan ion amonium. Namun, a-amina memiliki pengaruh yang signifikan terhadap keasaman asam karboksilat. -amina meningkatkan nilai KA untuk asam karboksilat dengan faktor sekitar 100.

                                                                              Efek induktif dari a -amine hanya dapat dirasakan pada a -CO2kelompok H. Jika kita melihat kimia asam glutamat, misalnya, a -CO2grup H pada R substituen memiliki keasaman yang mendekati asam asetat.

                                                                              Ketika kita mentitrasi asam amino dari ujung bawah skala pH (pH 1) ke ujung atas (pH 13), kita mulai dengan ion yang memiliki muatan positif bersih dan berakhir dengan ion yang memiliki muatan negatif bersih. .

                                                                              Di antara ekstrem ini, kita harus menemukan situasi di mana sebagian besar asam amino hadir sebagai zwitterion tanpa muatan listrik bersih. Titik ini disebut titik isoelektrik (pI) dari asam amino.

                                                                              Untuk asam amino sederhana, di mana R tidak mengandung gugus yang dapat dititrasi, titik isoelektrik dapat dihitung dengan rata-rata pKA nilai untuk asam -karboksilat dan gugus -amino. Glisin, misalnya, memiliki pSaya dari sekitar 6.

                                                                              Pada pH 6, lebih dari 99,98% molekul glisin dalam larutan ini hadir sebagai H . netral3N + CH2BERSAMA2H zwitterion.

                                                                              Saat menghitung pSaya asam amino yang memiliki gugus yang dapat dititrasi pada R rantai samping, hal ini berguna untuk memulai dengan menulis struktur asam amino pada pH fisiologis (pH 7). Lisin, misalnya, dapat diwakili oleh diagram berikut.

                                                                              Pada pH fisiologis, lisin memiliki muatan positif bersih. Jadi, kita harus meningkatkan pH larutan untuk menghilangkan muatan positif untuk mencapai titik isoelektrik. pSaya untuk lisin hanyalah rata-rata pKAdari keduanya -NH3 + grup.

                                                                              Pada pH ini, semua gugus asam karboksilat hadir sebagai -CO2 - ion dan total populasi -NH3 + grup sama dengan satu. Jadi, muatan bersih pada molekul pada pH ini adalah nol.

                                                                              Jika kita menerapkan teknik yang sama pada pKA data untuk asam glutamat, diberikan di atas, kita mendapatkan pSaya dari sekitar 3.1. Oleh karena itu, ketiga asam amino dalam bagian ini memiliki p . yang sangat berbedaSaya nilai-nilai.

                                                                              Dengan demikian, tidak mengherankan bahwa teknik umum untuk memisahkan asam amino (atau protein yang mereka bentuk) melibatkan penempatan campuran di tengah gel dan kemudian menerapkan tegangan kuat di gel ini. Teknik ini, yang dikenal sebagai elektroforesis gel, didasarkan pada kenyataan bahwa asam amino atau protein yang membawa muatan positif bersih pada pH di mana pemisahan dilakukan akan bergerak menuju elektroda negatif, sedangkan yang bermuatan negatif bersih akan bergerak menuju elektroda positif.


                                                                              Asam Amino Asam

                                                                              Asam amino asam harus terlihat sangat akrab dibandingkan dengan asparagin dan glutamin. Dan itu karena segala sesuatu tentang mereka adalah sama kecuali untuk grup fungsional terminal. Amida (dibahas di atas) bersifat polar, tetapi jika NH2 ditukar dengan gugus OH, Anda mendapatkan gugus karboksil asam.

                                                                              Asam Aspartat / Aspartat asp D


                                                                              Asam aspartat mengacu pada bentuk asam terprotonasi dari asam amino. When deprotonated, you’ll often see the conjugate base salt referred to as aspartate. This is the standard nomenclature for carboxylic acids.

                                                                              Think of ethanoic acid. Its common name is acetic acid. When deprotonated you get acetate. Acids are very stable in water since they are partially charged in their protonated form and fully charged in their deprotonated form. This makes them highly hydrophilic.

                                                                              Glutamic Acid / Glutamate lem E


                                                                              Once again we have a ‘glutton’ amino acid with an extra CH2 group. Glutamic Acid refers to the protonated acidic form, and glutamate refers to the deprotonated conjugate base/salt form.
                                                                              Like aspartic acid, glutamic acid is very stable in water and thus hydrophilic.


                                                                              Protein Questions and Answers PDF

                                                                              11. a-carbon of amino acids is chiral, except

                                                                              12. In the groups of amino acids indicated below, which one has side chain containing hydroxylic groups?

                                                                              (a) Serine, threonine, tyrosine

                                                                              (d) Glutarnine, tyrosine, serine

                                                                              13. Which of the following is not true about alanine?

                                                                              (a) Contains a branched side chain

                                                                              (b) At pH 1, it will move towards the cathode

                                                                              (c) At pH 1, the overall charge is +1

                                                                              (d) At equimolar mixture of D and L, alanine does not rotate the plane polarised light